Tahap implementasi merupakan tahap yang paling kritis karena untuk pertama kalinya sistem informasi akan dipergunakan di dalam perusahaan. Biasanya ada dua pendekatan yang dipergunakan oleh perusahaan: cut-off atau paralel. Pendekatan cut-off atau big-bang adalah suatu strategi implementasi sistem dimana dipilih sebuah hari sebagai patokan, dimana terhitung mulai hari tersebut, sistem baru mulai dipergunakan dan sistem lama sama sekali ditinggalkan. Sementara pendekatan paralel dilakukan dengan cara melakukan pengenalan sistem baru sementara sistem lama belum ditinggalkan, sehingga yang terjadi adalah berjalannya dua buah sistem secara paralal (kedua sistem biasa disebut sebagai testing environment dan production environment). Pemilihan terhadap kedua strategi tersebut tentu saja tergantung kepada perusahaan masing-masing, melihat bahwa masing-masing strategi implementasi memiliki sejumlah keuntungan dan kerugian yang berbeda. Lepas dari strategi yang dipilih, pemberian pelatihan atau training harus diberikan kepada semua pihak yang terlibat sebelum tahap implementasi dimulai. Selain untuk mengurangi resiko kegagalan, pemberian pelatihan juga berguna untuk menanamkan rasa memiliki (sense of ownership) terhadap sistem baru yang akan diterapkan, sehingga seluruh jajaran pengguna atau SDM akan dengan mudah menerima sistem tersebut dan memeliharanya di masa-masa mendatang dengan baik. Evaluasi secara berkala perlu dilakukan untuk menilai kinerja sistem baru yang diterapkan disamping untuk mengetahui isu-isu permasalahan yang timbul. Tentu saja pemecahan masalah dalam tahap implementasi harus segera dicari agar sistem tersebut dapat efektif penggunaannya.
